La investigación sufrió tanto por parte de la crisis general del país como por parte de la clásica "reserva" del capitalismo español en apoyar a las investigaciones que no ofrecieran una rentabilidad segura, cómoda y a corto plazo.
En estas condiciones, parece lógico que los científicos españoles, ante la penuria de los puestos de trabajo dedicados a la investigación y ante la escasísima dotación económica de los mismos, tuviesen que buscar otros campos más propicios para el desarrollo de su ingrata labor. Aunque su número sea pequeño, dados los escasos alicientes que la investigación ofrecía al estudioso español, dentro de éstos surgieron figuras que con su trabajo se hicieron merecedoras de las más altas recompensas internacionales. Severo Ochoa (bioquímico) logró desde su laboratorio estadounidense el Premio Nobel de Ciencias en 1959 por sus trabajos sobre el ácido ribonucleico, que echaron luz sobre aspectos tan fundamentales como la estructura bioquímica de la célula y la relación entre la estructura de la materia y la vida. Los intentos de la Universidad española (tras su renombre internacional) de incorporarlo a las tareas docentes del país no fructificaron. Arturo Duperier (1896-1959) destacó desde su laboratorio en Inglaterra por sus estudios sobre la radioelectricidad.
En el campo de la medicina es donde hubo un progreso más notable. Entre los médicos de prestigio internacional, el país pudo contra con nombres como Carlos Jiménez Díaz, Agustín Pedro Pons, Alfonso de la Fuente Chaos, Puigvert, Castroviejo, Barraquer...
Para paliar el españolísimo grito de "Que inventen ellos", también asimilado por los empresarios y qeu supuso el pago de fabulosas cifras en cantidad de royalties (9.590 millones de pesetas en 1969), se creó el Instituto Superior de Investigaciones Científicas, organismo que al parecer se perdió en la propia complejidad de los numerosos institutos que de él dependían, ya que, según señalaba Tamames en su Introducción a la estructura económica de España, era escasísimo, por no decir nulo, el aprovechamiento por el país de la investigación desarrollada por dicho centro.
La investigación en el campo de las humanidades en este período no tuvo hasta la década de los sesenta mejores oportunidades para su desarrollo. Así la Guerra Civil privó a España de muchas figuras en todos los campos del saber, quienes pretendieron hacer dar al país el salto que unos regímenes políticos caducos habían impedido. Destacaron Julián Besteiro, Miguel de Unamuno, Ortega y Gasset, Américo Castro, Luís Jiménez de Asúa, Gabriel Alomar, García Lorca, Sánchez Albornoz... Fuera de España prosiguieron sus esfuerzos de esclarecimiento histórico Américo Castro y Sánchez Albornoz.
No obstante, en este campo del estudio histórico el cambio de mentalidad de finales de los años cincuenta supuso una puerta de escape por la que surgieron figuras de la talla de Jaume Vicens Vives, que renovó los estudios históricos. Al socaire de esta apertura fueron surgiendo una serie de figuras (algunas desde el exilio, como el insigne profesor de Pau, Tuñón de Lara), que fueron incorporando al saber nacional parcelas de la historia consideradas como tabú muchos años antes.
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